其主要危害有：

　　神经系统毒性 链霉素、卡那霉素、庆大霉素、万古霉素等对第八对颅神经有明显的毒副作用，如出现耳鸣、耳聋。

　　肾脏损害 氨基糖苷类、头孢菌素类、四环素类药物均可引起肾功能衰竭，尤其对高血压、肾动脉硬化、糖尿病患者更应加倍注意。

　　肝损害 头孢菌素类、新生霉素、灰黄霉素、利福平、无味红霉素等均可伤肝。

　　造血系统损害 氯霉素、灰黄霉素、新生霉素均可引起造血系统损害，出现白细胞减少、粒细胞减少及再生障碍性贫血。

　　胃肠道反应 大多数抗生素可引起恶心、呕吐、食欲不振、腹痛、腹泻等，以口服抗生素最常见。

　　过敏反应 青霉素、链霉素、头孢菌素类等可引起过敏性休克；多种抗生素可发生药疹、药物热、甚至剥脱性皮炎。

　　二重感染 年老体弱者，长期反复地联合应用二种以上的广谱抗生素，会产生严重的副作用，最常见的是发生二重感染。 伴有二重感染者治疗起来非常棘手，且会危及生命。

　　伪膜性肠炎 这是因为用广谱抗生素影响了肠道内菌群的生态平衡，使肠道厌氧菌过度生长引起小肠结肠炎，轻者出现腹泻，重者形成伪膜性肠炎。

　　造成营养不良 长期滥用抗生素，会抑制或杀灭正常菌群，致使由肠道细菌合成的维生素K和B族维生素减少。

　　产生耐药性 过频使用抗生素，可使细菌产生抗药性，一旦真的必须使用时，就不得不加大剂量以求奏效。如此循环往复，耐药菌越来越多，疗效却每况愈下。