佛与众生，心体是一。而其所受用，天渊悬殊者，以其用心不同之所致也。佛则唯以无缘大慈，同体大悲，度脱众生为怀，了无人我彼此之心。纵度尽一切众生，亦不见能度所度之相。故得福慧具足，为世间尊。众生则唯以自私自利为事，虽父母兄弟之亲，尚不能无彼此之相，况旁人世人乎哉。故其所感业报，或生贫穷下贱，或堕三途恶道。即令戒善禅定自修，得生人天乐处。但以无大悲心，不能直契菩提。以致福报一尽，仍复堕落，可不哀哉。是则唯欲利人者，正成就其自利。而唯欲自利者，乃适所以自害也。药师如来本愿经者，乃我释迦世尊，愍念此界一切罪苦众生，为说药师如来，因中果上利生之事，实为究竟离苦得乐之无上妙法也。众生果能发慈悲喜舍之大菩提心，受持此经，此咒，及此佛名号。推其功效，尚可以豁破无明，圆成佛道。况其余种种果位，种种福乐乎哉。然在佛心，固欲以无上觉道，全体授与一切众生。而众生智有浅深，固不得不随其所乐，令彼所求各各如愿也。须知药师一经，及与佛号，并其神咒，即释迦药师，所得之阿耨多罗三藐三菩提法。凡至诚受持者，即是以佛庄严而自庄严也。故玉琳琇国师，常持此经，及此佛号，以是禅教律净之总持法门。故受持者，或生净琉璃世界，或生极乐世界。待至豁破凡情，圆成圣智，则直契寂光，东西俱泯。而复东西历然，随愿往生。则与弥陀药师，同归秘藏。是名诸佛甚深行处。圣聪大师，以心安和尚所书之本，刻板流通。欲令受持者发起正信，祈简明以告之。又此经系唐玄奘法师所译。其八菩萨，但举其目，未标其名。说咒一段，又复缺略。后之知识，欲令经义完全，故依七佛本愿经，添入说咒一段，共四百二十八字。依灌顶第十二经，添入八菩萨名。以三经原是一经故也。须知在昔贝叶，唯属钞写，或有遗亡，以致译文全缺互异。后人添入，深契佛心。故诸注者，咸皆宗之。恐以藏本对校，致生疑虑。故并书缘起，以庆完璧云（说咒一段从说咒前复次曼殊室利起至所求愿满乃至菩提止）。